Наличие значительного количества участков потери гетерозиготности у плода может свидетельствовать о близком родстве родителей или их происхождении из закрытой популяции. Это, в свою очередь, повышает риск моногенной патологии. Молекулярное кариотипирование позволяет не только количественно оценить долю таких участков, но и выявить мутации, связанные с некоторыми аутосомно-рецессивными заболеваниями.